Главный комплекс гистосовместимости представляет из себя определенный набор белков, расположенных на клеточной поверхности, основная задача которых - распознать чужеродные для организма молекулы и образовать с ними связь. В таком виде патогенные молекулы (антигены) распознаются иммунными клетками, которые их и уничтожают. У человека все белки комплекса гистосовместимости кодируются группой генов, сгруппированых на одном из участков 6 хромосомы.